在HACCP的運用過程中，使用微生物標準，是進行關鍵控制監測最有效的方法。關鍵控制點監測也可用物理、化學及感官評估等方法來完成。
1、危害分析
要從原料的生產、加工工藝步驟以及銷售和消費的每個環節可能出現的多種危害（包括物理、化學及微生物的危害）進行確定，并評價其相對的危害性，提出預防的措施。
2、關鍵控制點（CCPS）的確定
關鍵控制點是指那些若控制不力就會影響產品的質量，從而危害消費者身體健康的環節。一般說來，關鍵控制點要少于6個。一旦被確定為關鍵控制點則都要照例進行監測。所以說，關鍵控制點的選擇是HACCP系統的主要部分。
3、設定管制CCPS的標準
對已經確定的每一個CCPS，都必須制訂出相應的管制標準和適當的檢測方法。經常管制的標準包括：時間、溫度、水份活度 （a.）、PH值、可滴定酸鹽的濃度、防腐劑含量、有機氯濃度等。
4、標準設定后，每一個CCPS都必須進行例行監測，以確保每一環節都維持在適當的管制狀態下。每次CCPS檢測的結果都要進行認真記錄、存檔，便于今后對可能出現的事故進行分析鑒定。
5、CCPS修正計劃
當發現某一個CCPS超出管制標準，應有臨時性修正計劃，該計劃包括如何使CCPS回復到再管制狀態以及建議在CCPS超出管制標準期間所生產的產品如何處理。
6、HACCP系統有效性確認
HACCP系統有效性確認是通過對最終產品進行微生物、物理、化學及感官檢測來完成的。特別是微生物檢測是最為有效的確認指標，但微生物檢測法通常不直接用來檢測CCPS。有效性確認可以是廠家自查或請政府檢測機構來完成。